1) Вопрос: Почему на счете 20.01.1 появляются отрицательные остатки? Это только по статье «материальные затраты», до проведения документа Расчет себестоимости. Хотя при этом в Требовании накладной сумма проводок правильная.

Ответ: это возможно, т.к. в Требование накладная списывает сумму по регистру Партии товаров на складах (бух. учет), а Отчет производства за смену (ОПзС) по средней цене за месяц по регистру Незавершенное производство (бух. учет).
После проведения документа Расчет себестоимости суммы скорректируются.

2) Также отрицательные остатки могут возникнуть при ошибках в формировании документа Комплектация номенклатуры (Разборка), когда стоимость партий для отдельного материала может сильно отличаться. Отклонение даже в 10% может привести в зависшим по 20 счету копейкам.
Найти такие партии поможет обработка Проверка цен списанных партий.

3) Отрицательные суммы по статьям затрат ОХР могут быть при отрицательных затратах. Например, сторно прошлых периодов. Можно посмотреть по регистру Затраты (бух. учет), где будет видно и статьи, и документы.