Обработка интеллектуально помечает на удаление все документы.

После чего надо запустить стандартную процедуру удаления помеченных объектов (или аналогичную внешнюю обработку от фирмы 1С), которая уже окончательно удаляет документы из базы.
При таком подходе не может возникнуть битых ссылок.

Перед выполнением обработки обязательно сделайте копию базы.

Также есть обработка для удаления данных по организации, контрагенту или номенклатуре.