После внесения документов задним числом (неоперативно) надо как минимум:

1) Перепровести базу. За какой период? Вообще говоря всю, либо с самого раннего изменения.
2) Исправить все сообщения об ошибках. После чего вернуться к п.1. Если ошибок нет, переходим к следующему пункту.
3) Проверить по отчетам, есть ли отрицательные остатки. Если есть, исправить ошибки. Начать снова с п.1

Если база перепроведена, ошибок при перепроведении не выдается, также нет ошибок в отчетах — все замечательно!

Теперь не отличить, вводились документы оперативно или неоперативно (задним числом).

Смотрите также, от как навести порядок в 1С.