Если в документе по движению товара стоит только галочка Упр, то организация должна быть указана управленческая, т.е. без галочки «отражать в регламентированном учете» (закладка Прочее).

В противном случае формируются ошибочные движения по регистру «Товары организаций» (ТоварыОрганизаций).

Переписка со службой поддержки 1С подтвердило, что так работает программа — это не ошибка.

Ну и логично. Если у документа не стоит галочка «БУ», то причем тут юр. лицо? Если же «БУ» стоит, то и обязательно надо выбирать юр. лицо.

Обычно достаточно одной управленческой организации на базу, в т.ч. распределенную. Хотя в некоторых редких случаях управленческую организацию можно создать на каждое ЮЛ.