Для сдачи «Пояснения к бухгалтерскому отчету за 2012 год» (Excel) и «Пояснительной записки к бухгалтерской отчетности за 2012 год» (Word) их нужно объединить в один файл, т.к. в Контуре только одно поле для выбора файла.

Один из вариантов установить бесплатный Bullzip PDF Printer и распечатать на него все листы Excel и Word.
При печати первого файла создается документ pdf. При печати второго (и следующих) файлов надо выбрать опцию «Добавить в конец, если выходной файл существует».

Кстати, есть возможность сохранять (через Печать) в других форматах, например, картинки.