Казалось бы, что можно об этом написать? А вот есть что.

Сначала немного прописных истин:

1. Чтобы физически удалить объект из базы, его сначала нужно пометить на удаление. Пометку на удаление можно рассматривать как «намерение удалить объект». То есть вас, как пользователя, это ни к чему не обязывает. Просто вы говорите себе (и программа вас будет все время предупреждать), чтобы вы этим объектом больше не пользовались. В принципе, вы в любой момент можете снять эту пометку и дальше работать, как ни в чем не бывало.
2. Встречаются пользователи, которые считают, что, пометив объект на удаление, они вычеркнули его из своей жизни. Нет, это не так. Он также, наравне с остальными, полноправно фигурирует во всех документах и отчетах, и портит вам жизнь.
3. Чтобы окончательно удалить объект из базы, надо запустить регламентную процедуру с гордым названием «Удаление помеченных объектов».  Другими словами, надо просто «почистить базу».
4. Чистить базу рекомендуем раз в квартал и при необходимости. Желательно запланировать чистку базы заранее, а не выполнять ее перед отчетностью.
   Есть базы, которые не чистят много лет, и все живы.

А теперь опыт, накопленный годами:

1. Если помечаете объект на удаление, никогда не удаляйте его наименование. В дальнейшем трудно восстановить картину, что это было, и удалить этот объект.
2. Советуем при пометке объекта на удаление добавить в начало наименования три подчеркивания «___». (а) Это поможет видеть помеченные на удаление в документах и отчетах. (б) Не путать элементы при использовании автозаполнения реквизитов в документах.
3. На наш взгляд, пользователь никогда не должен снимать пометку на удаление. Есть одно исключение, когда пометку поставили случайно. Хотя удивительно, как так получилось? :)
4. Никогда, категорически никогда, нельзя брать помеченный на удаление объект (справочника), переименовывать его и использовать в новых документах. Это приводит к трудно выявляемым ошибкам в учете.
   Кто-то (один человек из ста) может возразить, зачем создавать новый элемент? Я точно уверен, что на этот элемент ссылок нет! Хорошо. Если это так, то объект уже должен был быть удален или будет удален при первой возможности.
   В любом случае, вы не получите никакой выгоды, а проблемы с большой вероятностью будут и не маленькие.
5. Перед чисткой базы убедитесь, что ваши свойства (в справочниках или документах) не помечены на удаление (по умолчанию их могут пометить и пользователи). Иначе свойство будет удалено вместе со всеми привязками к объектам (сами значения останутся).

Кроме пометки на удаление, документы можно еще записать и провести.